Awalnya, MAN 1 Klaten adalah Madrasah Filial Surakarta dengan 5 gedung untuk ruang kelas. Pembangunan madrasah ini dipelopori oleh Abdul Ghoni dan Amir Ma’shum atas persetujuan oleh Kepala Desa dan tokoh masyarakat serta tokoh agama Desa Karanganom. Setelah resmi berdiri pada tahun 1980 dengan nama Madrasah Aliyah Negeri Klaten Filial Surakarta, madrasah ini sudah dapat digunakan untuk kegiatan belajar mengajar yang sebagian muridnya berasal dari Madrasah Aliyah Muhammadiyah Sangkal Putung Klaten.
Madrasah ini, dalam perkembangannya selalu mengalami peningkatan dari tahun ke tahun. Sehingga madrasah ini selalu mengembangkan fasilitas, sarana dan prasarana untuk keberlangsungan proses belajar mengajar di madrasah ini. Di antara usaha pengembangannya adalah sebagai berikut:
- Tahun 1983/1984 memperoleh proyek pembangunan gedung 3 ruang kelas dari Pemerintah Pusat melalui Departemen Agama.
- Tahun 1985/1986 memperoleh proyek pembangunan gedung 3 ruang kelas dari Departemen Agama Pusat.
- Pengesahan kepemilikan tanah madrasah yang pada awalnya adalah tanah eigendom (OG) menjadi milik Departemen Agama khususnya adalah Madrasah Aliyah Negeri Klaten Filial Surakarta dengan nomor A. 1629515 tanggal 6 Juni 1985
- Penegerian Madrasah Aliyah Negeri Klaten Filial Surakarta menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Karanganom Klaten dengan SK Menteri Agama RI Nomor 137 tahun 1991 tertanggal 25 Juli 1991.
- Tahun 2018 nama MAN Karanganom namanya resmi berubah menjadi MAN 1 Klaten, sesuai dengan SK Menteri Agama RI No.211 Tahun 2015 tanggal 27 Juli 2015
Sekarang, MAN 1 Klaten yang memiliki 604 siswa dan siswi dengan 46 tenaga pendidik dan 10 orang tenaga kependidikan semakin eksis dan mengembangkan lembaga pendidikannya dari berbagai sisi, terutama kualitas SDM pendidik dan output siswa-siswi MAN 1 Klaten.